FDA, onlarca kalıtsal kanser yatkınlığını tespit eden ilk kan testini onayladı

 (insideprecisionmedicine.com)
1 puan yazan GN⁺ 2023-10-04 | 1 yorum | WhatsApp'ta paylaş
  • FDA, Invitae Common Hereditary Cancers Panel’e izin vererek kan yoluyla artmış kanser riskiyle ilişkili 47 gendeki DNA varyantlarını değerlendirmeye olanak tanıdı
  • Bu de novo pazarlama izni, yeni bir düzenleyici sınıflandırma oluşturuyor; aynı türdeki sonraki cihazlar FDA 510(k) piyasaya çıkış öncesi sürecinden geçebilecek
  • FDA, etiketleme ve performans testlerini kapsayan özel kontrol standartları belirledi; önemli varyantların raporlama doğruluğu için yüksek pozitif ve negatif uyum oranı şartları getirildi
  • Reçeteyle yapılan testte, klinik bakım noktasında kan alındıktan sonra laboratuvarda analiz yapılıyor; varyant yorumlamasında literatür, açık veritabanları, tahmin programları ve Invitae’nin kurum içi kürasyon veritabanı birlikte kullanılıyor
  • Başlıca riskler yanlış pozitif, yanlış negatif ve sonuçların yanlış anlaşılması; özellikle yanlış negatif sonuç, hastanın gerekli izlem veya klinik yönetimi kaçırmasına yol açabilir

FDA izni ve test kapsamı

  • FDA, kanserle ilişkili olabilecek yüzlerce kalıtsal varyantın belirlenmesine yardımcı olabilen ilk kan testini onayladı
  • Invitae Common Hereditary Cancers Panel, kan örneğinde belirli kanserlerin gelişme riskindeki artışla ilişkili 47 gendeki DNA varyantlarını arıyor
  • Tek bir testle birden fazla gen değerlendirilebiliyor ve yeni nesil dizileme (NGS) kullanılıyor
  • FDA Center for Devices and Radiological Health’ten Jeff Shuren, NGS’nin duyarlılığı ve hızının genetik varyantlara dair içgörü sağlamaya yardımcı olduğunu düşünüyor

Yeni düzenleyici sınıflandırma ve performans gereksinimleri

  • FDA, bu teste de novo pazarlama izni vererek yeni bir düzenleyici sınıflandırma oluşturdu
  • Aynı türdeki sonraki cihazlar, FDA’nın 510(k) piyasaya çıkış öncesi süreci üzerinden pazarlama izni alabilecek
  • Bu De Novo izniyle birlikte FDA, etiketleme ve performans testlerine ilişkin gereksinimleri tanımlayan özel kontrol standartları belirledi
    • Yer değiştirme, ekleme/silme ve kopya sayısı varyantlarının raporlama doğruluğu, doğrulanmış ortogonal yönteme kıyasla pozitif uyum oranı ≥%99,0 olmalı
    • Aynı kalemler için negatif uyum oranı ≥%99,9 olmalı

Kalıtsal kanser testi talebi ve kullanım açığı

  • CDC’ye göre kanserin 100’den fazla türü var ve ABD’de kalp hastalıklarından sonra ikinci önde gelen ölüm nedeni
  • Tanımlanan kalıtsal kanser varyantlarının sayısı ve ilgili testler istikrarlı biçimde artıyor
  • Ancak bu varyantlara yönelik fiili test kullanımı büyük ölçüde artmış değil

Klinik akış ve hasta tepkisi

  • University of Vermont Medical Center araştırma ekibi, Invitae ile iş birliği yaparak ileri evre kanser hastalarını erken dönemde test ediyor ve patojenik genetik varyant saptanırsa genetik danışmanlık sunuyor
  • ASCO sunumunda, hastalar ve sağlık hizmeti sağlayıcıları arasında sadeleştirilmiş test sürecine yönelik memnuniyet araştırıldı
    • Hastaların %94’ünden fazlası, testi mevcut klinik randevuları sırasında yaptırmış olmalarını olumlu değerlendirdi
    • Katılımcıların %82’si test sonuçlarını anladığı konusunda kendine güvendiğini belirtti

Reçeteli test yöntemi ve varyant yorumlama

  • Invitae’nin reçeteli testi, numunenin doktor muayenehanesi gibi klinik bakım noktasında alınarak laboratuvara gönderildiği bir yöntem izliyor
  • Varyantların klinik yorumlanmasında şu kanıtlar kullanılıyor
    • Yayımlanmış literatür
    • Açık veritabanları
    • Tahmin programları
    • Invitae’nin kurum içi kürasyonlu varyant veritabanı
  • Varyant yorumlama kriterleri, uzman kuruluşlar veya sertifikasyon kurulları tarafından belirlenen kriterlere dayanıyor

Başlıca genler ve ilişkili hastalıklar

  • Testin belirlediği klinik açıdan önemli genler arasında BRCA1·BRCA2 yer alıyor; bunlar kalıtsal meme ve over kanseri sendromuyla ilişkili
  • Lynch sendromuyla ilişkili genler arasında MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM bulunuyor
  • CDH1, ağırlıklı olarak kalıtsal diffüz mide kanseri ve lobüler meme kanseriyle ilişkili
  • STK11, Peutz-Jeghers Syndrome ile ilişkili

Test riskleri ve klinik dikkat noktaları

  • Bu testle ilişkili başlıca riskler yanlış pozitif, yanlış negatif ve sonuçların yanlış anlaşılmasıdır
  • Yanlış negatif sonuç, hastaya hatalı bir rahatlama hissi verebilir
  • Yanlış negatif sonuç alan hastalar uygun izlem veya klinik yönetimden mahrum kalabilir

İlgili okumalar

1 yorum

 
GN⁺ 2023-10-04
Hacker News yorumları

  • Harika haber. Invitae testini yaptırdım; buna vesile olan yazı şuydu: https://jakeseliger.com/2023/07/22/i-am-dying-of-squamous-ce...
    Anladığım kadarıyla FDA onayı alınması, sigorta kapsamına girebileceği anlamına geliyor
    Medikal onkologlardan duyduğuma göre kan testleri şu anda kanser profilleme alanında neredeyse bir Vahşi Batı gibi. CARIS https://www.carislifesciences.com/products-and-services/mole... veya Guardant360 https://guardanthealth.com/products/tests-for-patients-with-... gibi kan testlerinin onaylanması, sigorta açısından önemli görünüyor

    • FDA onayı, klinisyenlerin bunu fiilen kullanması ve sigortacıların ücretini geri ödemesi için yalnızca ilk adım
      Bir doktordan reçete istemek ve sigorta geri ödemesi almak için muhtemelen hâlâ yaklaşık 2 yıl, belki daha da fazla süre gerekecek
      Ancak artık ürünü yasal olarak tanıtmak mümkün ve teorik olarak kişi kendi cebinden ödeyerek testi yaptırabilir
    • FDA izni ile sigorta kapsamı ayrı şeyler. Üç yılı aşkın süredir izinli bir ürün satan küçük bir üretici tanıyorum; hiçbir sigorta şirketi o ürünü kapsamıyor
      Sigorta kapsamı temelde üretici ile sigortacı arasında bir bekleme oyunu. Yeterli sermayeyle dayanıp yöneticilerle ilişkiler kurabilirsen kapsam alabilirsin; aksi halde kolay değil
    • Biraz kaba bir yöne gidebilir ama şu an durumunun nasıl olduğunu merak ediyorum. İşlerin iyileşip iyileşmediğini

  • Netleştirmek gerekirse bu test, artmış kanser riskiyle ilişkili 47 geni inceliyor. Galleri gibi kan testlerinden farklı olarak, şu anda kanseriniz olup olmadığını söyleyen bir test değil
    0: https://www.galleri.com/

    • Kanser olup olmadığını potansiyel olarak söyleyebilen epey kan testi zaten var. Bir başka örnek de burada: https://www.personalgenome.com/products/elio-plasma-resolve
      Ortak noktaları, hepsinin FDA onayı almış testler değil, CLIA testleri olması
      Asıl metindeki Invitae testi FDA onayı aldı; bu hiç de küçük bir başarı değil. Zor bir süreç ve teknolojinin güvenilirliğine de büyük destek sağlıyor
      Grail kendi testine FDA onayı alabilseydi, bunu zaten yapardı
    • Bunlardan hangisinin gerçekten eyleme geçirilebilir sonuç doğuracağını bilmiyorum. “İyi beslen, egzersiz yap, sigara içme” dışında somut bir öneri olup olmadığını merak ediyorum
      Sadece kaygı yaratıyor da olabilir gibi görünüyor

  • Bu tür testlerde beni en çok endişelendiren şey, gelecekte kendi risk profilini bilmenin sağlık sigortasına kaydolma/sigortayı sürdürme becerisi ya da primler açısından ne anlama geleceği. Hollanda’da yaşadığım için muhtemelen büyük bir sorun olmayabilir ama ABD farklı olabilir ve geleceği bilmiyoruz
    Bu yüzden bu tür testleri daha az yaptırmak ya da hiç yaptırmamak istiyorum

    • ABD’de 2008’de çıkarılan Genetic Information Nondiscrimination Act var; genetik bilgiye dayalı sigorta ayrımcılığını yasaklıyor. Rutin kan testleri, daha doğrusu genetik testler, koruyucu tıbbı bir sonraki aşamaya taşırken önümüzdeki 50 yıl içinde önemli bir temel yasa olacak gibi görünüyor
      https://www.genome.gov/about-genomics/policy-issues/Genetic-...
    • ABD’de sorun olmaması gerekir. ACA, sigortacıların önceden var olan hastalığı olan kişileri de kapsamasını zorunlu kılıyor
      Kardeş yorumda bahsedilen GINA da bununla ilgili; adını tam hatırlayamamıştım
    • Bu tür bilgilerin işe alınmayı baştan engelleyip engelleyemeyeceğini merak ediyorum. Diğer koşulları aynı olan iki aday varsa, bazı şirketler büyük bir kanser riski olmayan kişiyi seçmek isteyebilir gibi görünüyor
    • ABD’de GINA sağlık sigortası konusunda koruma sağlamalı, ancak bu koruma başka sigorta türlerine mutlaka genişlemiyor
    • Bilimkurguvari bir kullanım olarak, elektronik sağlık kayıtlarından bilgi çeken prognoz, tanı ve aktif öğrenme ajanlarının bunu ön olasılık olarak kullanması söz konusu olabilir
      Daha düşük teknoloji düzeyinde ise, etkisi yüksek tümörle ilişkili bir varyant varsa kişi ve doktoru belirli kanserlerin izlenmesi ya da taranması konusunda daha tetikte olur
      Kanser ne kadar erken bulunursa prognozun o kadar dramatik biçimde iyileştiğini unutmamak gerekir

  • Invitae, yüksek kaliteli genetik tanı testlerini ticarileştirme ve makul fiyatla doğrudan tüketiciye sunma konusunda gerçekten iyi işler yapıyor. Doğum öncesi taramada kullandık; genellikle yalnızca ileri yaş gebeliklerde sigorta kapsamına giren dolaşımdaki DNA testini makul bir fiyata sundular
    Sigortacıların bu testleri kapsayıp Invitae’nin yaptığı işin karşılığını daha uygun biçimde vermesini isterdim ama ABD sağlık sistemi gerçekten tuhaf
    Bu tür genetik testlerin, özellikle farmakogenomik gibi alanların sorunlarından biri, doktorların bunları henüz muayene ve iş akışlarına entegre edememiş olması. Bu yüzden testten uygulanabilir bilgi alsalar bile gerçekte ne yapacaklarını pek bilemeyebiliyorlar

    • Doğum öncesi genetik testlerde öjenik dışında nasıl kullanım örnekleri olduğunu merak ediyorum

  • IVF ile bağlantılı olarak Invitae testi yaptırmıştım. Açıkçası bu mümkünse, sizde ve partnerinizde IVF yoluyla etrafından dolaşmayı gerektirecek kadar ciddi bir genetik uyumsuzluk olmadığını kontrol etmemek neredeyse etik dışı geliyor

  • Eldeki kartlarla oyunu oynamak gerektiği doğru
    Ama kendi olasılıklarını bilmek iyi bir şey
    Daha da iyisi, kanseri tedavi edebilir hale gelip yeni kartlar çekebileceğimiz zaman

  • FDA duyurusunun doğrudan bağlantısı:
    https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/fda-gran...

  • Harika bir gelişme, ama bu genler 23andMe gibi düşük maliyetli DNA testlerinde de tespit edilmiyor mu? BRCA1 ve BRCA2 varyantlarını kesinlikle test ettiklerini biliyorum
    Yoksa bu testte çok daha fazla varyant mı var, merak ediyorum

    • 23andMe, genom genelinde yaklaşık 1 milyon noktayı kontrol eder ve bilinen patojenik varyantlarla korelasyondan yararlanır. Buna karşılık Invitae testi, ilgili genlerin kodlayan bölgelerini ve çevresindeki bazı kısımları gerçekten dizileyerek nadir[0] mutasyonları saptayabilir
      Ayrıca Invitae, belirli varyantların, yani herkeste çok sayıda bulunabilecek varyantların iyi huylu mu patojenik mi olduğuna karar vermek için muazzam çaba harcar
      Invitae, özellikle bazı yeterince temsil edilmeyen gruplarda 23andMe tarzı yaklaşımın birçok önemli varyantı kaçıracağını savunageldi [1]
      Sorumluluk reddi: Eski bir Invitae çalışanıyım ve bir dönem oldukça çok olan hisselerimi hâlâ tutuyorum. Tüm görüşler kişiseldir.
      [0] Nüfus ölçeğinde nadir olduğu anlamına gelir. İyi bir yaklaşımla, her kişi belirli bir polimorfizmin 0, 1 veya 2 kopyasına sahiptir
      [1] https://www.biospace.com/article/invitae-challenges-accuracy...
    • 23andMe’nin teknolojisine ve raporlarına dahil ettikleriyle, gerçekten işletilebilir bir tıbbi test çözümü arasında büyük fark var. Yine de 23andMe de kendi sonuçlarının tıbbi açıdan ilgili olduğunu pazarlıyor: https://www.23andme.com/brca/
      Bir süre boyunca BRCA1/2 testini yalnızca Myriad yapabiliyordu; çünkü gerçek gen dizileri üzerinde patente sahipti. Bu dava Yüksek Mahkeme’ye kadar gitti ve mahkeme insan gen dizilerinin patentlenemeyeceğine hükmetti
    • Yaklaşım farklı. 23andMe de bununla ilgili kısa bir açıklama yayımlamış: https://customercare.23andme.com/hc/en-us/articles/202904600...

  • Invitae, genetik testleri genişletme ve erişilebilirliğini artırma konusunda iyi işler yaptı; ancak riskli bir yüksek büyüme stratejisi izledi ve ekonomik ortam değişince bunun bedelini ödedi
    Şirket uzun vadede mevcut haliyle ayakta kalamasa bile bu emeğin kaybolmamasını umuyorum

  • Grail’in Galleri testi, bir kan testiyle 40’tan fazla kanser türünü saptıyor ve bazılarını 1. evre kadar erken aşamalarda bile buluyor
    Test başına yaklaşık 1000 dolar civarında