2 puan yazan GN⁺ 2024-06-07 | 1 yorum | WhatsApp'ta paylaş
  • 2006 tarihli Nature Alzheimer makalesinin yazarları, görsel manipülasyonu şüpheleri sonrasında geri çekilmeyi kabul ederek Aβ*56 etrafında kurulu eski araştırma temelini sarstı
  • Bu makale, Aβ*56'nın Alzheimer’a yol açabileceğini öne sürerek ilgili araştırmaları ve fon akışını büyük ölçüde etkiledi; yaklaşık 2500 kez atıf aldı
  • Kıdemli ve sorumlu yazar Karen Ashe, PubPeer’da birden fazla görsel manipülasyonunu kabul etti ve nihai sorumluluğu üstlendiğini söyledi; ancak ilk yazar Sylvain Lesné geri çekilme onayına katılmadı
  • University of Minnesota, Lesné’nin araştırmalarını incelemeyi sürdürüyor ve sorunlu iki görsel için araştırma suistimali kararı vermeden incelemeyi tamamladığını açıkladı
  • Ashe, manipülasyonun deney sonuçlarını değiştirmediğini düşünse de dış araştırmacılar geri çekilmenin geciktiğini ve kanıtların ezici olduğunu belirterek bunu araştırma dürüstlüğünü yeniden tesis etmeye yönelik bir adım olarak değerlendiriyor

Geri çekilmeyi kabul eden 2006 Nature makalesi

  • 2006’da Nature’da yayımlanan Alzheimer’s disease araştırma makalesinin yazarları, görsel manipülasyonu şüphelerine yanıt olarak geri çekilmeyi kabul etti
  • University of Minnesota Twin Cities’te nörobilimci ve kıdemli yazar olan Karen Ashe, PubPeer’da Lesné et al. 2006 makalesindeki birden fazla görselin manipüle edildiğini kabul etti
    • Ashe, bu itirazlar gelene kadar manipülasyondan haberdar olmadığını belirtti
    • Kıdemli ve sorumlu yazar olarak nihai sorumluluğu üstleneceğini söyledi
  • Söz konusu makale yaklaşık 2500 atıf aldı ve Retraction Watch verilerine göre geri çekilirse tarihte en çok atıf alan ikinci geri çekilmiş makale olabilir
  • Ashe başlangıçta sorunun düzeltmeyle çözülebileceğini düşünüyordu, ancak daha sonra ilk yazar Sylvain Lesné dışında tüm yazarların geri çekilmeyi kabul ettiğini açıkladı
    • Nature sözcüsü, derginin planları hakkında yorum yapmadı

Aβ*56 hipotezinin yarattığı etki

  • 2006 tarihli makale, amiloid beta proteininin bir formu olan Aβ*56'nın Alzheimer’a yol açabileceğini öne sürdü
  • Araştırma ekibi, Alzheimer benzeri durum geliştirecek şekilde genetik olarak tasarlanmış farelerde Aβ*56’nın ortaya çıktığını ve bilişsel gerilemeyle birlikte biriktiğini bildirdi
  • Aβ*56 enjekte edilen farelerde hafıza bozukluğu görüldüğüne dair sonuçlar da sunuldu
  • O dönemde Alzheimer tedavisi araştırmaları, beyinden amiloid proteinini temizlemeye odaklanmıştı ancak deneysel ilaçlar başarılı sonuç vermedi
  • Aβ*56 daha spesifik ve umut verici bir tedavi hedefi olarak kabul edildi, buna bağlı araştırma fonları da önemli ölçüde arttı

Science soruşturmasından sonra büyüyen şüpheler

  • Science’ın 2022 tarihli soruşturması, Nature makalesi ve Lesné’nin ortak yazarı olduğu başka birkaç makalede manipüle edilmiş veri gibi görünen kanıtları ele aldı
    • Bu makalelerin bazılarında Ashe kıdemli yazar olarak yer alıyordu
  • Daha sonra makaleye atıf yaparak kendi deneylerini desteklemiş önde gelen araştırmacılar, Aβ*56’nın Lesné ve Ashe’in açıkladığı şekilde güvenilir biçimde tespit edilip saflaştırılıp saflaştırılamayacağını sorguladı
  • Bazı araştırmacılar, Aβ*56’nın gerçekten var olup olmadığını da sorguladı
  • Makale ve ilgili araştırmalardaki sorunlar, amiloidin Alzheimer’a yol açtığını savunan baskın hipoteze yönelik yeni kuşkular doğurdu; ancak başka araştırmacılar bu hipotezin hâlâ geçerli olduğunu düşünüyor
  • Bu tartışma, bilişsel gerilemeyi yavaşlatabilen ancak ciddi ya da ölümcül beyin ödemi ve kanama riski taşıyan anti-amiloid ilaç Leqembi’nin onayıyla birlikte sürüyor

University of Minnesota soruşturması ve sorumluluk tartışması

  • Sylvain Lesné yorum taleplerine yanıt vermedi ve University of Minnesota’daki profesörlüğünü ve NIH araştırma fonunu koruyor
  • University of Minnesota, Haziran 2022’den bu yana Lesné’nin araştırmalarını inceliyor
  • Üniversite sözcüsü, Nature’daki sorunlu iki görseli incelediklerini ve bu görseller için araştırma suistimali kararı vermeden incelemeyi kapattıklarını söyledi
    • Bu tutum, aynı makaledeki itiraz konusu olan diğer görsellerden söz etmiyor
    • Lesné’nin diğer makaleleri hakkında bir sonuca varılıp varılmadığı da açıklanmadı
  • Bilimsel dürüstlük danışmanı Elisabeth Bik, görsel manipülasyonunun nasıl olup da suistimal sayılmayabileceğini sorguladı
  • Bik, bu tür vakaların mali ve itibari çıkar çatışmaları bulunan bağlı üniversite yerine bağımsız bir kurum tarafından soruşturulması gerektiğini düşünüyor

Ashe’in tutumu ve dış araştırmacıların tepkisi

  • Ashe, PubPeer’da manipülasyonun deney sonuçlarını değiştirmediğini savundu
  • Ashe ve çalışma arkadaşları, yakın tarihli bir iScience makalesinde 2006 makalesinin bulgularını doğruladıklarını düşünüyor
  • Ashe, Aβ*56’nın Alzheimer’da önemli bir rol oynayabileceğini ve bunun ortadan kaldırılmasına yönelik hedeflemenin kayda değer klinik yarar sağlayabileceğini söyledi
  • Ashe, Science’a e-postayla, Nature’ın talep ettiği düzeltmeyi yayımlamaması nedeniyle geriye kalan tek seçeneğin geri çekme olduğunu iletti
    • Nature bu açıklama hakkında yorum yapmadı
  • Indiana University nörobilimcisi Donna Wilcock, geri çekme kararının alınmasının 2 yıl sürmesini üzücü bulduğunu ve manipülasyon kanıtlarının ezici olduğunu değerlendirdi
  • Vanderbilt University nörobilimcisi Matthew Schrag, Ashe’in iScience makalesine ilişkin sonuçlarına itiraz etti; ancak geri çekme kararını, araştırma dürüstlüğü sorunlarının yoğun olduğu bir alanda doğru yönde atılmış önemli bir adım olarak gördü
  • Lesné’nin şüpheli makalelerini yayımlayan diğer dergiler de University of Minnesota soruşturmasının sonucunu bekliyordu; Science Signaling editörü John Foley, üniversitenin inceleme hakkında yakında daha fazla açıklama yapacağını söyledi

1 yorum

 
GN⁺ 2024-06-07
Hacker News yorumları
  • 2006’da Nature’da yayımlandıysa bu 18 yıl önce demek; yani bu makalenin sonuçlarına inanan araştırmacılar bu kadar uzun süre yanlış bir yola girmiş oldu.
    Sadece araştırma emeğini değil, Alzheimer hastalarının yaşamlarını da düşününce bunun muazzam bir israf olduğunu düşünüyorum.

    • Geri çekilen makaleler ve sahte makaleler gerçekten büyük bir sorun.
      2023’te geri çekilen makale sayısının 10 bin olduğu tahmin ediliyor (https://www.theguardian.com/science/2024/feb/03/the-situatio...) ve bu bile muhtemelen toplamın küçük bir oranı.
    • Boşa giden sadece emek değil; yanlış bir varsayıma dayanan takip araştırmalarına kamu ve özel sektörden milyonlarca dolar aktarıldı.
      Sonuçta yazarın atıf almak için ödettiği bedel çok büyük.
    • Bu makale kesinlikle utanç verici.
      Ancak etkisini abartmamak gerektiğini düşünüyorum. Alzheimer’daki amiloid hipotezini destekleyen en güçlü kanıtlar, bu makaleyle hiç ilgisi olmayan çeşitli kanıtlardan geliyor.
    • Google Scholar’a göre 3.455 kez atıf almış.
      Hızlıca ilk 3 sonuca baktığımda, bu makalenin çoğu zaman aynı alandaki başka makalelerle birlikte atıflandığı görülüyor.
      https://scholar.google.com/scholar?cites=1621513420842042156...
    • Bu tür dolandırıcılıkların karşılığı hapis cezası olmalı.
  • Dolandırıcılığı azaltmak istiyorsak ödül yapısını değiştirmek gerekiyor.

    1. Araştırma fonları ve profesörlük kadroları, makale sayısından çok makale kalitesine daha az bağımlı olacak şekilde değişmeli.
    2. Uygulamalı araştırmadan çok temel araştırmaya ağırlık verilmeli. Uygulamalı araştırma abartıyı ve p-değeri hacklemeyi teşvik ediyor. 1990’ların sonunda NIH, tüm araştırmaların anında pratik değeri olması gerektiği yönünde güçlü bir baskı yaptı; bu gerçekçi değildi ve sonuçta araştırmacıların kendi çalışmalarının etkisini ciddi biçimde abartmasına, hatta açıkça dolandırıcılık yapmasına yol açtı.
    • Sorun, makale kalitesinin nasıl değerlendirileceği.
      Bugün bile Q2’nin altında, bazı durumlarda Q1’in altında bir dergide yayımlamak fiilen hiç yayımlamamış olmakla aynı; yalnızca D1 makaleleri kabul eden araştırma fonları da gördüm. Gregor Mendel’in özgün makalesi Brno’daki küçük ve yeni kurulmuş yerel bir dergide yayımlandı ve sonraki 35 yılda üç kez atıf aldı. Tüm göstergelere göre düşük kaliteli bir çalışmaydı, ama 40 yıl sonra temel bir katkı olarak yeniden keşfedildi.
      Temiz örneklere bakınca bile durum böyle; yazarın editörü tanıması ya da ünlü bir laboratuvardan gelmesi gibi nedenlerle gerçek değerinin çok üstünde yerlerde yayımlanan makaleler de gördüm. Tersine, küçük ya da az bilinen laboratuvarlardan çıkan araştırmaların ya da ana akıma ters düşen çalışmaların yayımlanabilmesi neredeyse şansa kalıyor.
    • Neden dolandırıcılık suçu kapsamında ceza davası açılmadığını anlamıyorum.
      Bu tür çıktılar en başta araştırma fonu almak için kullanıldıysa, fon sağlayan kurumu kandırmak demektir; ayrıca rakiplere gidecek parayı çalmak anlamına da gelir. Bu fonlar genellikle devlet kurumları tarafından dağıtıldığı için, kamu güvenini de zedeleyen bir durumdur.
    • 1940’lar civarındaki araştırma standartları gibi titizlik ve kaliteyi öne çıkaran yaklaşıma dönmek gerekiyor.
      Günümüz akademisinin ticarileşmesi, uzun veri toplama ya da geliştirme gerektiren anıtsal çalışmalar yerine, sürekli üretim miktarını ve devir hızını ödüllendiriyor.
      Veri odaklı araştırmalarda olağanüstü düzeyde titizliği yeni varsayılan standart yapmak ve iç/dış denetimlerle standartların ve uygulamaların gerçekten izlenip izlenmediğini kontrol etmek gerekebilir.
    • Makale kalitesi nasıl ölçülebilir? Dergi etki faktörü ya da atıf sayısıyla ölçmeye çalışanlar oldu, ama bu göstergeler de manipüle ediliyor.
    • Alzheimer araştırmasını temel araştırma olarak görmüyor musunuz? Anında pratik değer talep edilince dolandırıcılığın arttığını mı söylüyorsunuz?
      On yıllardır araştırma yapılmasına rağmen ne bir tedavi ne de nedenlere dair kesin bir anlayış bulunamamışken hâlâ destek alması gerçeğiyle bunu nasıl bağdaştıracağımı bilmiyorum. Aksine temel araştırmanın tipik örneği gibi görünüyor.
  • Elisabeth Bik geçmişte Twitter’da makalelerdeki şüpheli kısımların çoğunu paylaşmıştı. Manipüle edilmiş görseller ya da başka makalelerden kopyalanmış görseller çoktu.
    https://x.com/MicrobiomDigest
    https://x.com/MicrobiomDigest/status/902016709019672577
    Bu tür çalışmalar yapay zeka uygulamasıyla daha da hızlanacak ve yeni, ilginç dolandırıcılıklar da keşfedilecek.

    • Doğru, ama yapay zeka araçları kötü niyetli kişilerin gelecekte tespit edilmesi daha zor sahte görseller üretmesini de kolaylaştırıyor.
      Şu anda yakalananların manipülasyon yöntemleri inanılması güç derecede basit görünüyor.
  • Karen Ashe hem lisansını hem de MD derecesini Harvard'da aldı
    Son yıllarda Harvard'la bağlantılı kişilerle ilgili akademik sahtekârlıkların peş peşe ortaya çıkmasına bakınca, o kurumda ve genel olarak yükseköğretimde neler olup bittiğini sorguluyorum

    • Harvard akademik ünlüler istiyor
      Sağlam araştırma tek başına yetmiyor; ödüller ve övgüler, gürültünün arasından sıyrılan araştırmalar, ana akım medya haberleri vb. gerekiyor. Harvard her şeyden önce bir marka. Alanınızda kadrolu bir Harvard profesörü olmak hayat hedefinizse, çok dikkat çeken araştırmalar yayımlamanız gerekir
      Bunu yapmanın en kesin yolu, deneyleri dürüstçe yürütüp şans eseri büyük ödül getirecek sıra dışı bir sonuç çıkmasını ummak yerine, doğrudan sahtekârlık yapmaktı. Şimdi insanlar dürüstlüğü ve doğruluğu varsayılan kabul etmeyip makalelerin gerçek isabetliliğini analiz etmeye başladıkça bunun artçı etkilerini görüyoruz
    • Harvard haberlerde daha çok görünüyor sadece; ne yazık ki bu her yerde oluyor [1]
      [1] https://www.nature.com/articles/d41586-023-03974-8 Nature erişiminiz yoksa kusura bakmayın
    • Kirli işi yapan Ashe'in “öğrencisi” Sylvain Lesné idi
      Buna rağmen işte tutulmaya devam ederek ödüllendirilmiş gibi görünüyor
      Belki de Ashe'in Harvard eğitimi, başkalarının çalışmalarını tekrar kontrol etmesine gerek olmadığına inanmasına yol açmış olabilir
      Ayrıca, Amerika'da obeziteyi salgın düzeyine taşıyan “yiyeceklerdeki yağ kötüdür” tavsiyesinden de University of Minnesota'nın sorumlu olduğunu hatırlıyorum
    • Kısa süre önce bir Harvard mezunuyla tanıştım; ortalamanın altında olmasına şaşırdım. Doktorasını yeni almıştı ama yumuşak bilimler alanındaydı
      O alandaki bir sorun hakkında tavsiye istediğimde neredeyse hiç yanıt veremedi, sadece kendi derecesinden bahsetti. Hile yaptığını düşünmekten başka bir şey hayal etmek zordu
  • Lesné yorum talebine yanıt vermedi; hâlâ UMN profesörü ve NIH fonu alıyor
    Üniversite Haziran 2022'den beri onun araştırmasını inceliyordu; bir UMN sözcüsünün Nature'a, sorunlu iki görüntüyü incelediklerini ve “söz konusu şekille ilgili araştırma suistimali tespit etmedikleri için incelemeyi kapattıklarını” söylediği aktarılıyor. Ancak aynı makaledeki şüpheli diğer birçok şekilden bahsetmedi ve Lesné'nin manipüle edilmiş gibi görünen diğer makaleleri hakkında bir sonuca varıp varmadıklarını da yanıtlamadı
    2 yıllık soruşturma sonunda sadece iki görüntüden söz etmeleri korkunç

    • Hep böyle oluyor. Üniversiteler bu tür meseleleri yıllarca sürüncemede bırakıyor ve sonunda çoğu zaman herhangi bir açıklama yapmadan aklıyor ya da “muazzam beceriksizlikten kaynaklanan talihsiz bir olay” gibi açıklamalarla kapatıyor
      Bu açıklamanın gerçek olması imkânsız olsa bile böyle; üniversiteler kendi çalışanlarını düzgün biçimde soruşturamıyor ya da soruşturmak istemiyor
  • Sinirbilimci Karen Ashe, manipüle edilmiş görüntüler içerdiğini kabul ettikten sonra, ekibinin Alzheimer üzerine yayımladığı dönüm noktası niteliğindeki makaleyi geri çekmeyi planlıyor
    2006 tarihli çalışma, Alzheimer'ın amiloid beta proteini nedeniyle ortaya çıkabileceğini öne sürmüş ve neredeyse 2.500 kez atıf almıştı. Ashe, PubPeer'da “iki yıl önce ihbar alana kadar yayımlanmış makaledeki görüntü manipülasyonundan tamamen habersizdim” diye yazarken, makalenin sonuçlarını hâlâ desteklediğini söylüyor
    Bilim insanları, bu sorunun beta amiloid plaklarının Alzheimer'ın temel nedeni olduğu yönündeki baskın ama tartışmalı teoriyi sarsıp sarsmadığı konusunda bölünmüş durumda

    • Bunun, bu makaleyi temel alan çalışmaların kökten kusurlu olabileceğine dair bir uyarı işareti olarak nasıl görülmeyebileceğini anlamıyorum
  • Gerçekten de manipülasyon şüphesi taşıyan görüntüler bu makalede yer alıyor
    https://www.science.org/content/article/potential-fabricatio...

  • Bu kadar kolay tespit edilebilen belirli bir sahtekârlık türünün bu kadar yaygın olması şaşırtıcı
    Daha az bariz başka araştırma sahtekârlığı yöntemlerinin ne kadar yaygın olduğunu düşündürüyor

    • Bu yüzden 1990'lar ile 2000'lerin başı ve ortasındaki araştırmalarda sahtekârlık vakası patlaması göreceğiz
      O dönemde PC'ler yaygınlaşıp metin ve görsel kopyalamayı kolaylaştırmıştı, ancak tek tek cümleler ya da görseller için “nereden kopyalanmış?” diye gerçekten kontrol etmek çok daha zordu. Birçok kişi yakalanmanın çok zor olduğunu düşünüp kopyaladı ya da manipüle etti, ama teknoloji sonunda yetişti
      Eski Harvard başkanına yönelik çeşitli intihal vakalarına bakmak yeterli. En azından benim gözümde, onun şuradan buradan kısa ifadelerin yakalanmayacağını düşünerek, tembellik ya da özgüven eksikliği nedeniyle bolca kopyaladığı apaçık görünüyor. Zaten kim o kadar uğraşıp makale yazarken teşekkür bölümünü intihal eder ki?
    • 2006'da da bu kadar kolay tespit edilebilir miydi?
  • Makale atıf sayılarını artırmak için güçlü bir teşvik var
    Bu, sahtekârlar için burada gördüğümüz manipülasyon türü davranışları teşvik ediyor; ancak mevcut çalışmaları alıntılayan araştırmacıları dikkatli olmaya yönelten bir teşvik oluşturmuyor. Daha sonra geri çekilen çalışmalara kaç kez atıf yapıldığını gösteren bir kandırılma sayacı olsaydı, insanlar belki daha dikkatli olur ve verileri süslediğinden şüphe edilen araştırmacıların makalelerine atıf yapmaktan kaçınırdı

    • Sistemi daha incelikli hâle getirmek yalnızca daha karmaşık yapar; insanlar da o sistemi daha karmaşık yollarla manipüle eder. Hatta daha da kötüleşebilir
      Atıfların çoğu muhtemelen veri manipülasyonundan şüphelenen kişiler tarafından yapılmamıştır
      Kusurlu ölçütleri kullanmayı bırakmak daha doğru. Çoğu insan iyi işler yapmak ve iyi bir itibar kazanmak ister, ama teşvikler bunu çarpıtıyor