1 puan yazan GN⁺ 2024-11-09 | 1 yorum | WhatsApp'ta paylaş
  • Mitokondrilere hücresel organel olarak değil, bağımsız bir yaşam formu olarak bakmak, hücreyi enerji, bilgi ve ortakyaşamın iç içe geçtiği bir sistem olarak yeniden anlamamızı sağlar
  • Lynn Margulis’in endosimbiyoz kuramı bir zamanlar 12 akademik dergi tarafından reddedildi, ancak mitokondriler ile bakteriler arasındaki benzerlik doğrulandıkça ökaryot evriminin temel açıklamalarından biri haline geldi
  • Mitokondriler kendi genomlarına, gen ifadesine, ikili bölünmeye, çevresel sinyal algılamaya ve ATP üretimine sahiptir; basit bir “enerji santrali” olmanın ötesine geçerler
  • Yalnızca konak hücre içinde yaşadıkları yönündeki itiraz yeterli değildir; rickettsiae, Holospora spp., yapay endosimbiyoz ve türler arası mitokondri aktarımı örnekleri, yaşam formlarının belirli bir çevrenin içine gömülü biçimde yaşayabildiğini gösterir
  • DNA düzenleme araçları CRISPR’a kadar geliştiği gibi, geleceğin biyolojisi de biyolojik enerjiyi ve mitokondrileri mühendislik düzeyinde ele alacak araçlara ihtiyaç duyuyor

Mitokondrilere neden canlı varlıklar olarak bakmalıyız?

  • Vücudumuzdaki hücrelerin içindeki mitokondriler, kadim bir endosimbiyotik ilişkinin kalıntısıdır
  • Lynn Margulis, 1967 tarihli “On the Origin of Mitosing Cells”90079-3) makalesinde yaklaşık 1,5 milyar yıl önce ilkel bir ökaryotik hücrenin oksijen kullanan bir bakteriyi yuttuğunu ve onu sindirmek yerine simbiyotik bir ilişki geliştirdiğini ileri sürdü
    • Konak, bakteriye besin ve koruma sağladı
    • Bakteri, konağa enerji sağladı
    • Bu ilişki, modern mitokondriler ve kloroplastlar ile sonuçlanan biyolojik yeniliğin temeli oldu
  • Bu kuram ilk başta 12 akademik dergi tarafından reddedildi ve onlarca yıl saldırıya uğradı, ancak mitokondrilerin zar yapısı ve moleküler makinelerinin yaşayan bakterilere benzemesi nedeniyle giderek kabul gördü
  • Pek çok biyolog, mitokondrilerin bakterilerden zarla çevrili organellere “gerilediğini” düşünse de, mitokondrilerin işlevi ve dinamikleri onların bağımsız yaşam formları olarak yorumlanmasına imkân verir

Yaşamın ölçütleri ve mitokondriler

  • Yaşamın tanımı biyolojinin başlangıcından beri tartışmalıdır; moleküler biyologlar genellikle metabolizma, büyüme ve gelişme, uyaranlara tepki, üreme, bilgi işleme ve evrimleşebilme özelliklerini ölçüt alır
  • Biyofizik yaşamı enerji açısından ele alır; canlı varlıklar, evrenin entropi artışı eğilimine rağmen düzeni koruyan bir denge-dışı durum sürdürür
    • Hücreler yiyecek ya da güneş ışığı gibi düşük entropili girdileri alır
    • Atık gibi yüksek entropili çıktıları dışarı verir
  • Hangi tanım uygulanırsa uygulansın, mitokondriler yaşamın koşullarının önemli bir bölümünü karşılar
    • Kendi genomlarına sahiptir ve iç yapılarında gen ifadesi gerçekleştirirler
    • Çekirdekten ayrı biyomoleküller kullanırlar
    • Bakteriler gibi ikili bölünmeyle çoğalır ve bölünürler
    • Konak hücrenin glikozu ya da yağ asitleri gibi düşük entropili girdilerini alır, karbondioksit ve su gibi yüksek entropili çıktılar üretirler
    • İç zar boyunca proton pompalayarak denge-dışı termodinamik durumu korur ve bu gradyanla ATP üretirler

Enerji üretiminin ötesinde bilgi işleme ve evrim

  • Mitokondrilerin rolü yalnızca enerji üretimiyle sınırlı değildir
  • Sitoplazmik ortamda çeşitli sinyalleri algılarlar
  • Algılanan bu bilgi, hücre işlevlerini denetlemek için kullanılır
    • Bir virüs hücreye girdiğinde, mitokondriler istilanın algılanması ve programlanmış hücre ölümü sinyalinin iletilmesinde kritik önemdedir
    • Bu süreç, virüsün yayılmasını engellemeyle bağlantılıdır
  • Üreme ve evrim de konak hücrenin kopyalanma süreciyle tamamen aynı değildir
    • Dairesel genomları olan mitokondriyal DNA’yı bağımsız olarak çoğaltırlar
    • İkili bölünmeyle ayrılırlar
    • Mitokondriyal DNA, insan genomuna kıyasla 100 ila 1.000 kat daha hızlı mutasyona uğrar
    • Bu mutasyonlar yalnızca mitokondrinin uygunluğunu değil, konak hücrenin uygunluğunu da değiştirebilir
  • Mitokondriler hem evrimin etkisine maruz kalır hem de evrim sürecini etkileyen aktörler olarak işlev görür

“Yalnızca konağın içinde yaşar” itirazının sınırları

  • Mitokondrilerin konak hücrenin sitoplazması içinde bulunması gerektiği yönündeki itiraz, yaşam formlarının çevrelerinden tamamen ayrı yaşamadığı gerçeğini yeterince yansıtmaz
  • İnsan yaşamı da başka bir insanın içinde başlar; zigot doğumdan önce aylar boyunca rahim ortamına ihtiyaç duyar
  • Mitokondriler dışında da başka hücrelerin içinde yaşayan canlılar vardır
    • rickettsiae kenelerin, bitlerin, pirelerin ve akarların hücre sitoplazmasında bulunur
    • Holospora spp. çeşitli protistlerin çekirdeğinde yaşar
  • Tüm canlılar belirli çevreler ya da biyolojik sistemler içinde evrimleşir ve yaşar; her yaşam formu farklı bir düzlemde konumlanır
  • Bir canlının fiilen işgal ettiği çevre gerçekleşen ekolojik niştir; yaşayabileceği potansiyel aralık olan temel ekolojik niş ise bundan daha geniş olabilir

Mitokondrilerin potansiyel ekolojik nişi

Neden biyolojik enerjiyi manipüle edecek araçlara ihtiyaç var?

    1. yüzyılın başlarında Albert Einstein ve Claude Shannon, fiziksel dünyanın üç sütununu madde, bilgi ve enerji olarak konumlandırdı
  • Francis Crick ve James Watson’ın DNA çift sarmal modeli sonrasında biyoloji, madde ve bilgiye ilişkin anlayışını ve bunları kontrol etme kapasitesini büyük ölçüde geliştirdi
    • Genleri inceleme araçları ilerledi
    • Hücre içindeki bilgi akışını çözme yeteneği arttı
    • CRISPR tabanlı gen düzenleme gibi DNA’yı manipüle eden araçlar ortaya çıktı
  • Buna karşılık, biyolojik enerjiyi anlama ve manipüle etme araçları henüz aynı düzeye ulaşmadı
  • CRISPR yaşamın kodunu yeniden yazmayı mümkün kıldığı gibi, mitokondrileri mühendislik yoluyla ele alacak ve genel olarak ökaryotların biyoenerjetiğini kontrol edecek araçlara ihtiyaç var

Hastalık, yaşam süresi ve fotosentezle bağlantı

  • Mitokondriler, 1 milyar yılı aşkın evrimden sonra da hücre içinde merkezi rollerini koruyor; yerini almış ya da işlevsiz kalmış yapılar değiller
  • İnsan evrimi boyunca mitokondrilerin rolü, insan sağlığını ve uzun ömrünü şekillendirmeye de katıldı
  • Mitokondri işlev bozukluğu uzun zamandır birçok hastalıkla ilişkilendiriliyor
    • kardiyovasküler hastalıklar
    • diyabet
    • Alzheimer’s
    • Parkinson’s
    • amyotrofik lateral skleroz
    • yaşlanmayla ilişkili diğer hastalıklar
  • Bu hastalıklara sahip kişilerin mitokondrileri anormal ve parçalanmış bir görünüm sergiler; hücre için yeterli enerji üretemez ya da uygunsuz iletişim sinyalleri gönderir
  • Hastalıklı mitokondriler zamanla toksik bileşikler üreterek hücre ölümünü hızlandırır
  • Enerjiyle ilişkili hastalıkları çözmek, yaşam süresini uzatmak ve fotosentezi mühendislik yoluyla gerçekleştirmek; hücreleri ve onların içinde etkin biçimde yaşayan diğer yaşam formlarının karmaşık etkileşimlerini anlamakla yakından bağlantılıdır

1 yorum

 
GN⁺ 2024-11-09
Hacker News yorumları
  • Mitokondri yüzünden nadir Dünya hipotezine daha çok eğiliyorum
    Dünya tarihinde mitokondrinin endosimbiyozu bir kez gerçekleşti; o olmadan karmaşık yaşam için gereken enerji bütçesi ortaya çıkmıyor
    Üstelik böyle bir şeyin mümkün olduğu pencere dar olmuş olabilir. Modern mikrobiyal dünyanın savunmaları ve seçilim baskıları, ilk mitokondriyal hücre gibi kırılgan bir kimeraya karşı düşmanca olurdu
    Mitokondriden önce, cansız maddeden yaşamın ortaya çıkma süreci makul görünüyor; mitokondriden sonra da karmaşık çok hücreli ve zeki yaşama giden süreç anlamlı. Ama o tek an laboratuvarda yeniden üretilmedi ve hâlâ da üretilmiş değil
    Bu yüzden evrende canlı çer çöp gibi yaşam biçimlerinin bol, ama bitkiler ve hayvanların çok az olduğunu düşünüyorum
    Yan not olarak, ATP'nin hareket ederken görünüşü izlemeye değer: https://www.youtube.com/watch?v=lUrEewYLIQg&t=939s

    • Birincil endosimbiyoz mitokondri ve kloroplastlarda en az iki kez gerçekleşti
      Kloroplastlar, daha geniş anlamıyla plastitler ortak bir atayı paylaşıyor gibi görünüyor; ancak mitokondriler yatay gen transferi ya da yakınsak evrim geçirmiş birden fazla soydan gelmiş olabilir. Nitroplast da büyük olasılıkla ayrı bir birincil endosimbiyoz örneği
      Bir ökaryotun simbiyotik organelinin başka bir ökaryotik hücre tarafından yutulup yeni bir simbiyonta dönüşmesi olan ikincil endosimbiyoz da var ve bu en az 8 kez gerçekleşti
      Başka organellerin de kendi genetik materyalleri gibi özellikler nedeniyle endosimbiyoz ürünü olduğuna dair teoriler var, ama bu taraf daha spekülatif
      Ökaryotların böyle simbiyontları kabul edip önemli yetenekler kazandığı doğru; ancak bu simbiyontlar zaten o işlevleri doğrudan yerine getirecek şekilde evrimleşmiş canlılardı. Ayrıca mitokondri ökaryotların özelliklerinden biri olsa da karmaşık çok hücreliliğin evrimini mümkün kılan temel neden olarak görülmüyor. Prokaryotlar da çok hücreliliği onlarca kez evrimleştirdi; biz yalnızca karmaşık çok hücreliliğin tanımını, prokaryotların başardıklarından ayrı olacak şekilde keyfi biçimde koyduk
    • Kloroplastlar da dahil olmak üzere diğer yorumlarda belirtildiği gibi, geriye kalan soyların yalnızca mitokondri ve kloroplast olması, bunun sadece iki kez gerçekleştiği anlamına gelmez
      Başka soylarda da gerçekleşmiş, fakat herhangi bir nedenle rekabette geriye düşüp yok olmuş olabilirler
    • Mitokondrinin tesadüfi bir olay olduğu doğru görünüyor
      Ama bu, başka gezegenlerdeki canlıların mutlaka mitokondriye ya da eşdeğer bir organele ihtiyaç duyacağı anlamına gelmez. Gerekli kimyasal tepkimeleri gerçekleştirebiliyor ve yeterli enerjiyi çıkarabiliyorsa, çevreye bağlı olarak başka bir yöntem de pekâlâ yeterli olur
      Zaten mitokondri nasıl evrimleşti? Bağımsız bir canlı olarak kalıp o muazzam enerji bütçesiyle kendi başına evrimleşebilir miydi?
    • Isı, basınç ve kimyasal gradyanlar gibi nadir görünebilir, ancak enerji verimliliği gradyanı bunun ortaya çıkmasını yönlendirmiş olabilir. Tesadüf olsun ya da olmasın, sonunda gerçekleşecek bir şey olmuş olabilir
    • Yanılıyor olabilirim ama yakın zamanda, benzer bir olayın bir bakteri türünde görece yakın dönemde, yüz binlerce ila milyonlarca yıl önce tekrar gerçekleştiğine dair bir şey okuduğumu hatırlıyorum
      Ayrıca böyle bir şey bir kez gerçekleştiğinde, tekrar gerçekleşme ihtiyacını da ortadan kaldırma eğiliminde olabilir
  • Bu yazı, meseleyi yeni ve derin bir şeymiş gibi paketliyor; oysa mitokondrinin “canlı” olması sonuçta yaşam etiketini nasıl yapıştırdığımızla ilgili
    Yaşam sözcüğü, biyolojik olgulardan bağımsız olarak var olan insani bir dilsel kurgudur ve virüslerde olduğu gibi bilim bu soruyu onlarca yıldır ele alıyor. Bu tür tartışmalar semantiğe varır ve bilimin kendisine bir şey katmaz
    Mitokondri ilginç ve hâlâ öğrenecek çok şey var, ama hücresel aygıta tamamen bağımlı. Yapısını kodlayan genlerin çoğu çekirdek DNA'sında bulunuyor. Mitokondrinin bağımsız olarak canlı olduğunu savunacaksanız bu noktayı atlamak zor
    Kalp bedenimin dışında da var olabilir ve başka birine nakledilebilir; peki bu kalbin canlı olduğunu söylememiz gerektiği anlamına mı gelir?
    Yazının tamamı bir şeyleri kaçırdığımızı ima ediyor, ama aslında öyle değil. Lynn Margulis'in mitokondrinin endosimbiyotik kökenine dair teorisi pek çok meydan okumayla karşılaştı ve bilimsel tartışma başlattı; ama sonunda onlarca yıl önce ikna edici biçimde galip geldi ve yerleşik bilim haline geldi. Yaşam tarihinde bu tür birçok endosimbiyoz olayı oldu ve bunu inceleyen bir evrimsel biyoloji alt alanı da var

    • Semantik tartışmaların bilime hiçbir şey katmadığını söylemek, bilimin epey büyük bir bölümünü oldukça doğru tarif ediyor
      Kalbi oluşturan hücreler kesinlikle canlıdır, ama destek altyapısı olmadan ölürler. Yaşamaları, çoğalmaları ve ölmeleri bakımından bedendeki tüm hücrelerle aynıdırlar
      Sizi destek altyapısı olmadan Ay'a taşırsak siz de ölürsünüz, ama yine de muhtemelen canlı sayılırsınız
    • Neye itiraz edildiğini pek anlayamadım. Bu yazı bana yaşamın özel olduğuna dair iyi bir hatırlatma gibi geldi
      Yaşamın mekanizmaları vardır ama bir makineden fazlasıdır. Kendi yaşamımızın başka bir canlıyla, hatta 10^17 canlıyla simbiyotik olarak bağlı olduğu tutumu değerli bir alçakgönüllülük sağlar
      Bu alçakgönüllülük, onların hepsini sağlıklı ve gelişir kılacak yeni bir bakış açısı verebilir. Mesele yalnızca mitokondrinin canlılığına dair ruhani bir bağlantı değil; sağlık ve esenlik yönünde pratik bir tutumdur ve bilimsel olarak araştırılacak çok fırsat vardır
    • Bu yazı, bilimsel uzlaşının ayrıntılarını içselleştirmemiş insanlara sesleniyor gibi
      Böyle insanlar hâlâ “yaşam” hakkında konuşuyor ve yazının eleştirdiği kusurlu anlayışa dayanarak kararlar alıyor
      Burada “kaçırılan şey” dar anlamda bilimden çok, daha geniş sonuçlar ve dünya görüşü gibi görünüyor
    • “Genlerin çoğu çekirdek DNA'sında” kısmı şaşırtıcı. Mitokondrinin insan hücresinin içinde yaşayan hücre benzeri bir şeye daha yakın olduğunu sanıyordum
      Wikipedia da bunu doğruluyor gibi: “Ökaryotik hücre DNA'sının çoğu hücre çekirdeğinde bulunur, ancak mitokondrinin bakteri genomlarına önemli ölçüde benzeyen kendi genomu, yani mitogenomu vardır”
      https://en.wikipedia.org/wiki/Mitochondrion
    • Mycoplasma gibi zorunlu hücre içi parazitler ne olacak?
      Bunlar mitokondriye çok yakın, ama biz onları canlı sayıyoruz. Pek çok gen kaybetmişlerdir ve konak olmadan hayatta kalamazlar
      Bu tür örneklerde, zorunlu hücre içi parazitlerin yutulmuş bir prokaryottan türeyen organellere uzanan yolunu neredeyse görebiliyoruz
  • Bu yazı, daha ilk birkaç paragrafta bilim gazeteciliğinin iki klasik klişesini birden tutturmuş
    Birincisi, zayıf kanıtlara dayanarak çok dramatik bir teori varsayan birinin meslektaşlarının çoğu tarafından yanlış görüldüğü, ama daha sonra güçlü kanıtlar ortaya çıkınca haklı olduğunun anlaşıldığı anlatı. Yanlış olduğu ortaya çıkan binlerce dramatik hipotezden söz edilmiyor
    İkincisi, popüler açıklamalarda size bir felsefi önermenin yanlış olduğu söylenmiş olabilir, ama aslında benim tercih ettiğim semantiği varsayarsak doğru olduğu tarzı
    Artık bu tür hikâyelerden sıkılmanın zamanı gelmedi mi? Bilim muhabirleri böyle yazılardan utanmıyor mu?

    • İlk değerlendirmeye katılmak zor
      Bunun tüm ya da çoğu dramatik hipotezin doğru olduğu yanılgısını ima ettiğini çıkaran yazar değil, sizsiniz. Yazar yalnızca belirli bir teoriden söz ediyor
      Bir tavuğun yolun karşısına geçmesiyle ilgili bir hikâye anlatmak, yolun karşısına geçmeyen tüm tavukların hikâyesini anlatma yükümlülüğü doğurmaz
      Yerleşik kabullerin bu şekilde başladığı çok sayıda örnek de var; bu yüzden bilim insanlarının tartışmalı hipotezleri açık fikirle incelemesi gerekir. Hangi bağlamda olursa olsun, kendi bakış açısıyla çelişen kanıtları fazla hızlı reddetmek kolaydır ve bu herkesin yaptığı bir tür savunma mekanizmasıdır
      Bu önyargının farkına varmak ve kendi teorisinin nerede eksik kalabileceğini gördüğünde bunu kabul etmeye hazır olmak önemlidir
    • İkinci konuya gelirsek, hücre biyolojisi profesörleriyle bu meseleyi çok tartıştım ve Google’da “Are mitochondria alive” diye aratınca Gemini hayır diye yanıtlıyor
      Akademik çevremde oldukça tartışmalı bir konu, ama bu düşünceyi de değerli buluyorum
    • “Yanlış olduğu ortaya çıkan binlerce dramatik hipotezden söz edilmedi” demek, yerel bir adamın piyangoyu kazanmadığı haberine benziyor
  • Mitokondriyle ilgili yazıları her okuduğumda, bu konuyu ilginç bulanlara Nick Lane’in Power, Sex, and Suicide kitabını şiddetle öneriyorum
    Harika bir kitap

    • Nick Lane’e benden de bir oy
      Yalnızca The Vital Question’ı okudum, ama alan dışından biri olarak biyokimyaya giriş kitabı açısından çok iyiydi
    • The Vital Question bu konuyu ele alıyor ve biyolojik enerji üretimi üzerine temel bir öğretici kitap olarak da genel olarak çok iyi
    • Power, Sex, and Suicide’ı önermeye gelmiştim. Büyüleyici bir kitap
  • “Mitokondriyi cansız olarak tanımlamak basit bir sınıflandırma hatası ya da kelime seçimi meselesi değil; mitokondrinin doğasına ve rolüne dair temel bir yanlış anlamadır ve biyolojik sistemleri kavrayışımızı ve araştırma araçlarımızı derinden etkiler” iddiası ortaya atılmış ama desteklenmemiş
    Herkesin mitokondrinin evrimsel ve mekanik gerçekleri konusunda zaten hemfikir olduğunu varsayarsak, bu ayrımın neden önemli olduğunu pek anlamıyorum
    Mitokondrinin başlangıçta serbest yaşayan hücreler olduğu, kendi DNA’sına sahip olduğu, kökeni ve hücre içindeki çalışma biçimiyle ilgili gerçekler konusunda kimse itiraz ediyor gibi görünmüyor
    Sonuçta bu yalnızca canlı olmanın ne anlama geldiğine dair bir tartışma; felsefi olarak ilginç ama biyoloji pratiği açısından önemli görünmüyor. Daha geniş bir anlamı olmayan saf bir semantik tartışma gibi duruyor

    • Orijinal metinde alıntılanan yazıya [0] göre, mitokondri kompartımanında bulunan tüm proteinlerin %95’inden fazlası nükleer DNA tarafından kodlanıyor, sitoplazmik ribozomlarda sentezleniyor ve ardından mitokondriye ithal ediliyor
      Buna mitokondriyal DNA ve RNA polimerazları, transkripsiyon faktörleri, RNA işleme ve modifikasyon enzimleri, transkripsiyon sonlandırma faktörleri, mitokondriyal ribozom proteinleri, aminoasil-tRNA sentetazları, translasyon faktörleri gibi mtDNA gen ifadesini düzenleyen unsurlar da dahil
      Mitokondriyal unsurlar konak hücre olmadan uzun süre yaşayamaz; bu yüzden virüsler gibi, tam anlamıyla canlı sayılmak için gereken tüm koşulları karşılamazlar
      [0] https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC23071/
  • Yazıyı okurken “bu operasyonel olarak hangi anlamda önemli?” sorusunun yanıtını bekledim ama hiç gelmedi
    Ortaya atılan soru mitokondriyi “canlı” sayıp saymayacağımız; ama bu sadece bir kelime, kimin umurunda diye düşündürüyor
    Bu varsayımı kabul edersek neyi farklı yapacağız?

    • Mitokondrinin canlı olduğunu kabul edersek, yazarın söz ettiği potansiyel ekolojik nişi araştırmak için motivasyon doğabilir
      Örneğin goril gibi başka türlerin mitokondrilerini insan hücrelerine nakletmek yeni tedavilere yol açabilir
      Mesele, mitokondrinin yalnızca belirli bir ortamda yaşaması gerektiğine dair kalıplaşmış fikirden çıkmak
    • Yazı bunu ele almıyor gibi görünüyor, ama şu tür sorular sorulabilir
      “Mitokondrinin evrimsel çıkarları ile bireyin çıkarları çatışabilir mi?”, “Bir birey en fazla kaç bağımsız DNA’ya sahip olabilir?”, “Mitokondri neden bağışıklık yanıtı oluşturmaz, ya da oluşturabilir mi?”
    • Saf biyoloji açısından önemli olmasının başlıca nedeni, bir hücrenin başka bir hücreyi içine alıp o içeri alınan hücrenin doğal işlevinden yararlanabileceğinin başlangıçta fark edilmemiş olmasıydı
      Bu, hücrelerin her işlevi her zaman sıfırdan evrimleştirmek zorunda olmadığını, fagositoz yoluyla da edinebileceğini öğrendiğimiz için önemlidir
      Ayrıca evrimi incelemek için çeşitli nedenlerle yararlı bir araç hâline gelir
    • Mitokondrinin canlı olup olmadığını felsefi olarak tartışmanın gerçek önemini ben de pek ciddiye almıyordum, ama bu paragraf fikrimi değiştirdi
      Mitokondri konak hücreye bağlı kalmıyor, başka hücreler arasında hareket edebiliyor gibi görünüyor. Türler farklı mitokondrilere sahip olsa da deneyler, bir türün mitokondrisinin başka bir türe aktarılabileceğini gösteriyor
      1997’de bilim insanları şempanze ve goril mitokondrilerini izole etti ve bunların insan hücreleri tarafından doğal olarak içselleştirilip entegre edildiğini gösterdi. Dışarıdan mitokondri eklemenin kalp yetmezliği ve omurilik hasarında terapötik etki bile göstermesi de kayda değer
      Dolayısıyla mitokondrinin yaşayabileceği potansiyel ekolojik niş, gerçek ekolojik nişinden daha geniş. Bir organelden çok simbiyonta benziyor; bu şaşırtıcı
    • Sorunun kendisi semantik, ama mitokondrilerimizi seçilim baskısı ve genetik sürüklenmeye tabi evrimleşen popülasyonlar olarak görmek, sağlıkta oynadıkları rolü anlamak için gerçekten önemli
      “Egzersiz neden sağlığa iyi gelir?” gibi temel sorulara kadar uzanıyor
  • Buradaki yorumlardaki felsefi ve anlamsal dallanmaları okurken aklıma gelen şu: endosimbiyozun memetik eşdeğeri olarak Hristiyanlık, özellikle de Katoliklik gösterilebilir
    Tarihsel olarak Hristiyanlık 2 bin yıl boyunca dünyaya yayılırken, din değiştiren toplulukların yerel inanç ve geleneklerini sık sık uyarlayıp içine aldı[0]. Bunların çoğu zamanla kayboldu, ama bazıları çekirdeğe entegre edilip küresel ölçekte ihraç edildi
    Noel’i düşünmek için de tam zamanı[1]. İki temel bayramından biri olmadan Hristiyanlığı hayal edebilir miyiz?
    Bu yüzden Noel, mitokondriye en yakın memetik eşdeğer olabilir. Erken dönemde içine alınmış antik Roma festivallerinin belirgin hatları hâlâ görülebiliyor, ama o memlerin hepsi Hristiyanlığın içinde yaşıyor
    Bugün bu bayram, inancın bütünü için vazgeçilmez ve kendi başına bağımsız biçimde var olamaz[2]
    [0] Bu tür özümsemenin, insanların yeni dini kabul etmesini kolaylaştırmaya yönelik bilinçli bir esneklik olduğunu öğrenmiştim; ama bugünlerde bunun temelde kaçınılmaz bir sonuç da olabileceğini düşünüyorum. Kıta ölçeğinde kurumsal tutarlılığı ve inanç tutarlılığını korumak için, son 100–200 yıl öncesine kadar var olmayan iletişim ve bürokrasi teknolojileri gerekiyordu
    [1] En azından çoğu mağaza bizi buna inandırıyor. Batı ticari takviminde Noel, Cadılar Bayramı biter bitmez başlar
    [2] Gerçi bu benzetmenin zayıf noktası bu olabilir. Batı’da Noel, bağımsız bir seküler gelenek olarak yaşayabilecek kadar ticarileşti

    • Doğu Ortodoks Kilisesi’nde buna çoğu zaman kültürü vaftiz etmek denir
      Bir kültürde iyi olanı alıp, insanların Hristiyan olmasına yardımcı olmak için onu bütünleştirme fikri. Misyonerlerin dil öğrenmesi, Kitab-ı Mukaddes’i çevirmesi ve gerekirse o dil için yazı biçimi oluşturması da Hristiyan misyonunun merkezindedir
      Bu yüzden Hristiyanlık her zaman kültürlerin simbiyozuna yakın oldu; söylediğin gibi endosimbiyoza benzediğine katılıyorum
      Başlangıçta tamamen Yahudi karakterindeydi, Helenizmin büyük bir bölümünü benimsedi ve dünyaya yayıldıkça daha fazla unsuru içeri aldı. Yahudi unsurlar ile Helenistik unsurlar tamamen birbirine karışmadı; bu açıdan da mitokondriye epey benziyor
      Ayrıca Tanrı’nın insan olup ikisinin simbiyozunu kurtarıcı yaptığı temel inanca sahip bir din için böyle bir yapı mantıklı
  • Dünyadaki her çocuğun mitokondrinin hücrenin enerji santrali olduğunu neredeyse dinî bir bağlılıkla öğrenmesi bile, başlangıçtaki sözleşmeyi sürdürdüğümüzün ve onun şartlarına bağlı olduğumuzun kanıtı olarak yeterli
    Bundan daha iyi bir halkla ilişkiler departmanına sahip tek bir biyolojik varlık söyleyin. En yakını, kurbanlarını havalıymış gibi gösteren ayak mantarı olabilir

    • İnternette mem olarak görene kadar o ifadeyi hiç duymamıştım
      Biyoloji dersinde bakterileri genetik olarak düzenleyip renk değiştirmelerini sağlamıştık; o eğlenceliydi
      Ayak mantarı için en iyi tedavi, seyreltilmiş çamaşır suyunda ayakları 30 dakika bekletmek. Bir leğeni ılık suyla doldurup hafifçe karıncalanacak kadar çamaşır suyu eklemek yeterli
      Pazartesi-Çarşamba-Cuma gibi gün aşırı üç kez yapınca çözülür. Ayakkabıları da mutlaka temizlemek gerekir; yeniden enfeksiyonu önlemek için enfekte ayakkabıları birkaç gün bile giymemek iyi olur, ayrıca içlerine birkaç kez Lysol sıkmak iyi fikirdir
    • Ne yazık ki aynı tür mantar olan kasık mantarı aynı PR muamelesini görmedi
    • “Mitokondri hücrenin enerji santralidir” açıklaması, daha üst seviyelere çıkınca da pek iyileşmiyor
      Biyoloji bölümü öğrencilerinin neredeyse dinî bir bağlılıkla ezberlediği Krebs döngüsü var, ama o da aslında pek çok şeyi açıklamıyor
      Asıl ilginç kısım genelde “sihirli enzim/protein” katalizi diye geçiştiriliyor. Mitokondri proteinlerinin ve enzim katalizinin nasıl işlediğini anlamak için genellikle lisansüstü düzeyde bilgi ve biyokimya/biyofizik arka planı gerekiyor
    • Güneş var
      Bildiğim kadarıyla mitokondriye hiç tapmadık. Yemek yemeyi adak sayarsan teknik olarak doğru olabilir, ama felsefi olarak değil
  • Yazıda eksik kalan kilit gerçek şu: ATP ve enerji sentezi için gerekenler de dahil olmak üzere mitokondrinin temel proteinlerinin çoğunu, konak hücrenin DNA’sından konak hücre üretir
    Yani mitokondrinin bir miktar DNA’ya sahip olup çoğaldığı doğru, ama o hücre sadece mitokondrinin “ortamı” değildir
    Bir başka ilginç nokta da mitokondrilerin birbirleriyle birleşebilmesi ve transkripsiyon hatalarıyla bozulan bireyleri kurtarmak için bunu sık sık yapmalarıdır. Köprü benzeri yapılar üzerinden başka hücrelere taşınıp alıcı hücreyi güçlendirebilirler; şu anda bağışıklık hücresi tedavisinde bu yaklaşım denenmeye çalışılıyor

  • Bu tür son derece düşük olasılıklı tesadüfi olaylar yüzünden, evrende gerçekten yalnız olabileceğimizi düşünüyorum
    Burada “biz” ile kastedilen, bilinç sahibi olup medeniyet kurmuş yaşam biçimleri. Bizim ortaya çıkmamıza yol açan, son derece olanaksız olaylardan oluşan uzun zincirin başka yerlerde tekrarlanmış olması pek mümkün değil; bu evrenin muazzam enginliği sayesinde bunun bir kez olsun gerçekleştiğini düşünüyorum

    • Bir damla deniz suyunda yaklaşık 1 milyon bakteri var
      Bunu tüm okyanusla çarpın, etkileşimleri de milyarlarca yılla çarpın
      Böyle bir simbiyozun gerçekleşmemesi daha çok imkânsız gibi görünüyor. Olasılık ne kadar düşük olursa olsun, mümkün etkileşimlerin sayısı bu sonucu neredeyse kesin kılmış olmalı
    • Evren o kadar akıl almaz derecede büyük ki, büyük bir olayın yalnızca bir kez gerçekleştiğini hayal etmek zor