50 adet GeForce 1080 Ti ile meme kanseri ve beyin tümörüne karşı savaşan 'amatör' programcı
(howardchen.substack.com)"Her kahraman pelerin giymez."
- 2018'de, X-Ray görüntüsü yüklendiğinde yapay zeka ile meme kanseri teşhisi yapan bir siteyi yayımlayan coolwulf hakkında bir hikâye
- Tamamen ücretsizdi. Doğruluk oranı %90'a ulaşıyordu
- Meme kanseri erken tespit edildiğinde tamamen iyileşme oranı yüksektir, ancak ilk belirtiler belirgin olmadığından tedavi zamanı kolayca kaçırılabilir
- Son kararı elbette doktor vermelidir, ancak güvenilir bir yapay zeka tümörü tespit edebiliyorsa bunun erken teşhise yardımcı olması başlı başına yeterince değerlidir
- İlk yayımlanan yazı büyük ilgi gördü, ancak onu yayımlayan coolwulf kendini ifşa etmeden ortadan kayboldu
- Ardından 2022'de coolwulf, daha da önemli olan "beyin tümörü projesi" ile geri döndü. Yine kimliğini gizleyerek..
- Muhabirin ABD'nin orta kesimlerinde yaşayan coolwulf'u bulup birkaç kez röportaj yaparak hazırladığı içerik.
Coolwulf'un gerçek adı Hao Jiang
- Nanjing Üniversitesi Fizik Bölümü'nde lisans ve doktora eğitimini tamamladı, ardından Michigan Üniversitesi Nükleer Mühendislik ve Radyolojik Bilimler Bölümü'nde doktora aldı
- Kariyerini şöyle değerlendiriyor
Ana kariyerim 'tıbbi görüntüleme', ama boş zamanlarımda açık kaynak projeler geliştiren 'amatör' bir programcıyım.
- Öğrencilik döneminden beri kod yazıyordu; GitHub'dan önce SourceForge'da ve kendi web sitesinde yan projeler yürüttü
- 2001'de Mozilla'nın Gecko render motoruyla ilgili projelere katıldı ve Firefox'un öncülü olan, kod adı Pheonix olan projede de yer aldı
- 2009'dan itibaren Exp Deals Hotel adlı, otelleri düşük fiyata rezerve etmeyi sağlayan bir site de işletti
- Michigan Üniversitesi'nde tıbbi görüntüleme eğitimini tamamladıktan sonra Bruker ve Siemens'te görüntüleme dedektörü ürün geliştirmeye liderlik etti
- Sonrasında Teksas Üniversitesi'nden profesör Weiguo Lu ile birlikte radyoterapi yazılımı alanında bir şirket kurarak kanser radyasyon tedavisi ve yapay zeka teknolojisi ürünleri geliştiriyor
Ölümü görmek
- Her şey bu şekilde devam etseydi muhtemelen bilim odaklı bir girişimci olacaktı,
ancak Nanjing Üniversitesi'nden bir mezunun, 34 yaşında meme kanseri için tedavi zamanını kaçırıp 4 yaşındaki çocuğunu geride bırakarak hayatını kaybetmesine tanık oldu - Birçok meme kanseri hastasının çoğu zaman kanseri tespit edecek erişim imkânına sahip olmadığı için teşhisin geciktiğini fark etti
- Bu yüzden, gerekli uzmanlık deneyimine de sahip olduğu için, X-Ray görüntülerini yapay zeka ile analiz etme fikri aklına geldi
Veri seti toplamak
- Coolwulf önce Florida Üniversitesi'nin web sitesinden DDSM ve MIAS veri setlerini indirdi
- O dönemde veri formatı eskiydi; standart Dicom görüntüleri değildi ve görüntüler hâlâ film taraması olduğundan, tüm bilgileri kullanılabilir biçime dönüştürmek için özel bir program yazdı
- Barcelona Üniversitesi'nden herkese açık olmayan InBreast meme kanseri veri setini de talep etti
- Bu sırada pek çok doküman okuyup model kodunu yazdı
Yerel GPU kümesi kurmak
- Modeli verimli biçimde eğitmek için yüksek performanslı donanım gerekiyordu ve
kendi parasıyla 50 adet Nvidia GTX 1080 Ti kullanarak yerel bir GPU kümesi kurdu - O dönemde kripto para madenciliği nedeniyle 50 ekran kartı toplamak kolay değildi
- Arkadaşlarından Newegg/Amazon/Dell üzerinde arama yapıp GPU bulmaları için de yardım istedi
- Üç ayın sonunda "ücretsiz yapay zeka meme kanseri tespiti" web sitesi hazırlandı ve 2018'de yayına alındı
İnsanların tepkisi
- Kaç kişinin kullandığı bilinmiyor. Gizlilik sorunları nedeniyle veriler sunucuda saklanmıyor
- Ancak hastalardan çok sayıda teşekkür e-postası gelmeye başladı. Özellikle Çin'den çok geldi
- Kullanıcılar, tıbbi kaynakların yetersiz olduğu uzak bölgelerdeki insanlar için web sitesi üzerinden tümör tespiti yaptı
- Daha birkaç yıl öncesine kadar bu teknoloji bugünkü kadar yaygın değildi; bu nedenle coolwulf'un projesi neredeyse öncü niteliğindeydi
- Bu web sitesi sektörde büyük ilgi gördü; Şanghay'daki ulusal üniversite hastanesi olan Fudan Üniversitesi Hastanesi gibi kurumlar da e-posta ile teşekkür edip finansal ve teknik destek sunma niyetlerini iletti
- Ancak tüm masrafları coolwulf tek başına karşıladı ve bu küçük bir tutar değildi
- Neden ücretli yapmadığı sorulduğunda
"Kanser hastaları ve aileleri zaten çok fazla şey yaşadı; bence herkes onlara yardım etmek ister. Benim de bunu yapabilecek gücüm var."
- Web sitesinin dışında bir masaüstü sürümü de var
Hayattaki ikinci kırılma
- 2021'de Coolwulf hayatında ikinci büyük kırılmayı yaşadı
- Bir iş arkadaşının kuzeni, tedavisi zor bir beyin tümörü nedeniyle "tam beyin radyoterapisi (WBRT, Whole Brain Radiation Therapy)" aldı
- Ne yazık ki tam beyin radyoterapisinden birkaç ay sonra tümör yeniden ortaya çıktı ve artık yapılabilecek bir şey kalmadan ölümü beklemek zorunda kaldı
- WBRT, radyasyonla tümörleri geniş çapta yok etmeye çalışan bir tedavi yöntemidir; kanser hücrelerini öldürür ama normal beyin dokusuna da zarar vererek lezyonların ortaya çıkmasını azaltmayı hedefler
- Daha az resmî söylemek gerekirse, WBRT "ayrım gözetmeyen bir saldırı"ya yakındır
- Bu nedenle beyin sapı (Brainstem) ya da optik sinir (Optical Nerve) gibi beynin kritik yapılarının radyasyon dozu sınırları dikkate alındığında, WBRT genel olarak 'ömürde bir kez uygulanabilen bir tedavi (once-in-a-lifetime)' sayılır
- Bu olaydan sonra coolwulf bakış açısını tamamen değiştirip sektörün zorluklarını aşmaya karar verdi
→ Yapay zekayı yalnızca tespit aşamasında değil, gerçek tedavide de kullanmak
Beyin tümörü tedavisinin bugünü
- Günümüzde beyin tümörleri için en yaygın tedavi tam beyin radyoterapisidir (WBRT)
- Yalnızca ABD'de her yıl 200 bin kişi WBRT alıyor
- O hâlde, çoklu beyin tümörü olan hastalarda, ömürde bir kez uygulanabildiği için WBRT seçmenin riskini almak gerçekten gerekli mi?
- Şart değil; çünkü başka bir tedavi yöntemi daha var: stereotaktik radyoterapi (Stereotactic Radiotherapy, Stereotactic Radiosurgery/SRS)
- Tam beyin radyoterapisiyle karşılaştırıldığında stereotaktik radyoterapi daha odaklıdır; normal dokulara zarar vermeden yalnızca hastalıklı dokuyu hassas şekilde ortadan kaldırabilir
- Örneğin Gamma Knife, bir tür stereotaktik radyoterapi cihazıdır. Bu tedavi yöntemi çok daha az yan etkiye sahiptir, hastaya daha az zarar verir ve birden fazla kez uygulanabilir
- Akademik çevrelerdeki genel görüş, stereotaktik radyoterapinin hastalara daha iyi yaşam kalitesi sunarken aynı zamanda daha etkili olduğu yönündedir
Stereotaktik radyoterapi yapabilmek için
- Tek sorun, stereotaktik radyoterapinin tıbbi kaynaklar üzerinde daha fazla yük oluşturmasıdır
- Çünkü bu protokol benimsendiğinde, tümör uzmanı ya da beyin cerrahı her tümörün sınırlarını doğru biçimde belirlemeli ve her tümöre etiket atamalıdır
- Tıbbi fizikçinin de her tümör için doğru tedavi planını hazırlaması gerekir; tek bir hastayı kurtarmak için çok büyük zaman harcanır
- Bu yüzden doktorlar, hastada 5'ten fazla beyin lezyonu varsa neredeyse her zaman stereotaktik radyoterapi yerine tam beyin radyoterapisini tercih eder
- Ancak yapay zeka doktorların iş yükünü paylaşabilir
- coolwulf, stereotaktik radyoterapiyi daha fazla beyin tümörü hastasına sunmak için çalışıyor
- Ancak bu kez sorun çok daha zor olduğu için artık tek başına ilerlemek mümkün değildi. Bu yüzden Teksas Üniversitesi Tıp Merkezi ve Stanford ile iş birliği yaptı
- Pek çok kişinin yardımıyla yakın zamanda 3 yapay zeka modeli geliştirildi
- Beyin metastazlarını (brain metastases) otomatik olarak ana hatlarıyla belirleyip etiketleyen model
- False Positive oranını hızlıca azaltmak için SVM-radiomics tabanlı model
- Optimize edilmiş radyasyon dozu haritasına dayalı model üzerinden, çoklu lezyonları farklı tedavi süreçlerine göre hızla ayıran model
- Bu üç model birbirini tamamlıyor ve doktorların iş akışıyla uyumlu olduğundan, stereotaktik radyoterapi kullanılırken iş yükünü büyük ölçüde azaltabiliyor
Teknik sunum
- "An AI-based stereotactic Radiosurgery Management Web Platform for Brain Metastases"
- Bu proje 2022 AAPM Spring Clinical Meeting ve 2022 AAPM annual meeting'de sunuldu ve bir kez daha sektörde geniş kabul gördü
- coolwulf, ortak yazarlarıyla birlikte stereotaktik radyoterapi topluluğunun bu başarıyı fark edip benimsemesini ve bunun gerçekten daha fazla hastaya yardım etmesini hızlandırıyor
- Röportajda coolwulf, bu sonuca asla tek başına ulaşmadığını defalarca vurguladı
- Sessizce kanserle savaşan herkesin birlikte kahraman olduğunu söyleyerek ortak yazarların mutlaka belirtilmesini istedi
Zi Yang, Mingli Chen, Hao Jiang, Zabi Wardak, Strahinja Stojadinovic, Robert Timmerman, Tu Dan, Weiguo Lu, Xuejun Gu
- Son yıllarda kanserden ölüm oranı, 30 yıl öncesine kıyasla %30 azaldı
- Bu hızla giderse, muhtemelen gelecekte bir gün kanser artık ölümcül bir son dönem hastalığı olmayacak
- Ama bu, sadece dümdüz ilerlenebilecek bir köprü değil; coolwulf gibi, uçurumun içinde kendi yolunu aydınlatan sayısız insan var
- Haberi bitirmek için Reddit'te paylaşılmış bir kullanıcının yorumunu alıntılayalım
Her kahraman pelerin giymez.
“Not all heroes wear capes”
21 yorum
Bu dokunaklı yazıyı çevirdiğiniz için gerçekten çok teşekkür ederim.
Vay be.. gerçekten çok etkileyici.
Harika.
Teşekkür ederim.
Gerçekten kahraman denmeyi fazlasıyla hak eden biri. Güzel yazıyı paylaştığınız için teşekkürler.
Gerçekten çok harika ve saygı uyandırıcı..
Bu güzel yazıyı çevirdiğiniz için teşekkürler!
Güzel yazı için teşekkürler.
Harika yazıyı paylaştığınız ve çevirdiğiniz için teşekkürler!
Vay..
Çevirdiğiniz için teşekkür ederim. Keyifle okudum.
Gerçekten dokunaklı.
İnsanın zihnini uyandıran bir yazı ...
Ben de gerçekten tembelmişim.
Biraz daha gaza gelmiş olarak ayrılıyorum.
Eski beowulf project aklıma geldi. Güzel bilgi için teşekkürler
Oo.. Böyle başlayıp okumaya koyulmuştum ama sonra dikkatle sonuna kadar okudum. Harika ve öncü olduğundan başka aklıma gelen bir kelime yok. Elbette her şeyi tek başına halletmemiş olsa da, yaşanan pek çok deneme-yanılma ve emeği alkışlamak istiyorum.
Hafifçe okuyup geçerim diye başlamıştım ama masaya oturup dikkatle okudum. Çevirdiğiniz her bir cümle insanın içine işliyor. İnsanı çok düşündürüyor da… Yolumu kaybetmiş gibi hissettiğim kariyerimde küçük bir ampul yakan bir yazı oldu. Teşekkür ederim!
Ah, özenle çevirmemin karşılığını görmek güzel. İyi şanslar!
Gerçekten bir kahramansınız.
Eyleme geçen zekâ.
Gerçekten harika. Teşekkürler!
Coolwulf haberi doğrudan HN'ye kendisi göndermiş. https://news.ycombinator.com/item?id=31449147
Yorumlarda neden hizmeti
httpüzerinden sunduğu, doğruluğun hangi ölçütlere göre belirlendiği gibi eleştiriler var ama... ben gerçekten çok ilgi çekici buldum.Yazıda bahsedilen meme kanseri tarama sitesi bu. http://mammo.neuralrad.com:5300/upload
Türkiye'de de Mammogram (mamografi) taramasından sonra hastanın görüntüleri alıp alamadığını pek bilmiyorum.
Hastanede çekilen çoğu hasta görüntüsü, kişi isterse alınabiliyor. Muhtemelen bir ücreti var (hastaneye göre değişse de sanırım 10 bin won civarındaydı). Başvurursanız CD olarak alabilirsiniz. Bu CD’nin içindeki DICOM görüntülerini jpg’ye dönüştürürseniz kullanılabilir gibi görünüyor.
Anladım, demek öyle. Teşekkürler!