AlphaFold - Protein Katlanması Probleminin Çözümü

sduck4 · 2020-12-01T08:28:00+09:00

DeepMind tarafından geliştirilen, protein katlanması problemini çözen bir sinir ağı modeli Protein katlanması problemi Proteinler, amino asitlerin zincir şeklinde bağlanıp üç boyutlu olarak katlandığı karmaşık yapılardır Proteinleri oluşturan amino asitlere ve katlanmış yapılarına göre çeşitli işlevler üstlenirler Ancak yalnızca amino asit dizilimine bakarak proteinin yapısını tahmin etmek son derece zordur AlphaFold Protein Data Bank'taki yaklaşık 170.000 protein yapı verisi ile bunun dışında yapısı bilinmeyen protein verileri üzerinde eğitildi Yaklaşık 128 TPUv3 çekirdeği kullanılarak birkaç hafta boyunca eğitildi CASP(Critical Assessment of protein Structure Prediction) İlk kez 1994'te düzenlenen, iki yılda bir yapılan dünya protein yapı tahmin yarışması Yapısı henüz bilinmeyen proteinlerin yapısını tahmin eder AlphaFold'un ilk sürümü, 2018'de düzenlenen CASP13'e katıldı 2020'de düzenlenen CASP14'te AlphaFold, ortalama 92,4 GDT ile birinci oldu Bu, yaklaşık bir atom genişliği kadar hata payı anlamına geliyor Beklenen etkiler ve görünüm Bu yıl AlphaFold, ORF3a ve ORF8 gibi koronavirüs proteinlerini tahmin etti Gelecekte çeşitli biyolojik problemlerin çözümüne ve yeni ilaç geliştirmeye katkı sağlaması bekleniyor

(deepmind.com)

9 puan yazan sduck4 2020-12-01 | 2 yorum | WhatsApp'ta paylaş

DeepMind tarafından geliştirilen, protein katlanması problemini çözen bir sinir ağı modeli

Protein katlanması problemi

Proteinler, amino asitlerin zincir şeklinde bağlanıp üç boyutlu olarak katlandığı karmaşık yapılardır
Proteinleri oluşturan amino asitlere ve katlanmış yapılarına göre çeşitli işlevler üstlenirler
Ancak yalnızca amino asit dizilimine bakarak proteinin yapısını tahmin etmek son derece zordur

AlphaFold

Protein Data Bank'taki yaklaşık 170.000 protein yapı verisi ile bunun dışında yapısı bilinmeyen protein verileri üzerinde eğitildi
Yaklaşık 128 TPUv3 çekirdeği kullanılarak birkaç hafta boyunca eğitildi

CASP(Critical Assessment of protein Structure Prediction)

İlk kez 1994'te düzenlenen, iki yılda bir yapılan dünya protein yapı tahmin yarışması
Yapısı henüz bilinmeyen proteinlerin yapısını tahmin eder
AlphaFold'un ilk sürümü, 2018'de düzenlenen CASP13'e katıldı
2020'de düzenlenen CASP14'te AlphaFold, ortalama 92,4 GDT ile birinci oldu
Bu, yaklaşık bir atom genişliği kadar hata payı anlamına geliyor

Beklenen etkiler ve görünüm

Bu yıl AlphaFold, ORF3a ve ORF8 gibi koronavirüs proteinlerini tahmin etti
Gelecekte çeşitli biyolojik problemlerin çözümüne ve yeni ilaç geliştirmeye katkı sağlaması bekleniyor

2 yorum

ffdd270 2020-12-01

Sağlığıma iyi bakmam gerekecek galiba. Ömür uzatma hayali gerçekleşene kadar... Bu hayatta yapmak istediğim çok fazla şey var ;_;

xguru 2020-12-01

Hücre yaşlanmasını tersine çevirmek için proteinlerin kullanıldığına dair bir haber çıkmıştı.

Yapay zeka, yaşamı uzatma hayalini gerçekleştirmede büyük bir rol oynayabilir gibi görünüyor.

Yaşlanmış cilt hücrelerini yeniden gençleştiren 'hücresel ters yaşlanma' teknolojisi geliştirildi

http://m.dongascience.donga.com/news.php?idx=41855

Hücre yaşlanmasını tersine çevirme stratejileri arasında en yaygın araştırılan yöntem 'yeniden programlama' teknolojisidir. Yeniden programlama, deri hücreleri gibi belirli vücut dokularına dönüşmüş hücrelere 'Yamanaka transkripsiyon faktörleri' olarak adlandırılan 4 protein türünü ekleyerek onları belirli hücrelere farklılaşmadan önceki genç durumlarına geri döndüren bir tekniktir.